Dobkowski obronił dyplom w pracowni Jana Cybisa, jednak już na studiach wyraźnie sprzeciwiał się dominującemu wówczas sposobowi malowania skupionemu na niuansach kolorystycznych i silnym fakturowaniu. Angażował się w życie kontrkultury, m.in. ruch hipisowski, zaś w 1967 roku wraz z Jerzym „Jurrym” Zielińskim założył grupę Neo-Neo-Neo – nazwa miała sugerować, że we współczesnej sztuce nic już nie jest naprawdę nowe. Dobkowski od późnych lat 60. tworzył płaszczyznowe obrazy o kontrastowych zestawieniach barwnych, nawiązujące do estetyki popartu. Tematyką jego prac były przede wszystkim na poły abstrakcyjne kobiece (rzadziej męskie) akty o zdeformowanych ciałach i wyolbrzymionych cechach płciowych. Z czasem artysta w coraz większym stopniu skłaniał się ku malarstwu nieprzedstawiającemu, nasyconemu tajemniczą symboliką, oddziałującemu gęstą siecią drobnych linii o zniuansowanej kolorystyce. W twórczości Dobkowskiego od samego początku znaczącą rolę odgrywa niezwykle charakterystyczna, precyzyjna kreska, która dominuje w jego malarskich i rysunkowych kompozycjach. Choć Jan Dobkowski znany jest przede wszystkim z malarstwa pulsującego feerią barw, stanowiącego hołd dla witalnej energii natury i ludzkiej zmysłowości, w jego dorobku pojawiały się także prace mroczne i niepokojące. W roku 1994 artysta został uhonorowany nagrodą im. Jana Cybisa za całokształt twórczości. Prace Dobkowskiego znajdują się w zbiorach m.in. Muzeów Narodowych w Warszawie, Poznaniu i Wrocławiu, Muzeum Sztuki w Łodzi, Guggenheim Museum w Nowym Jorku oraz kolekcjach prywatnych w Polsce, Szwecji, Danii, USA, Szwajcarii, Francji.
Cykl „Obrazy magiczne”, powstał w 1975 roku, natomiast w roku 2020 Jan Dobkowski wrócił do niego i przekształcił go, nadając mu zupełnie nowe znaczenie, formę i kolorystykę. Wizualność tych obrazów pozostaje charakterystyczna dla całej jego twórczości. Są erotyczne, żywe, barwne i pozbawione pruderii.
